GSEA图的解释

今天帮忙解释了一个内容，自己也是查阅得到的结果，因此记录一下。

Q:这种图我不会看，是怎么解释的？

这类图是GSEA。
对某一个特定的情况下（通路/或者其他），针对两个表型（箭头所指，可以是疾病/对照；也可以是野生型和对照组；任何都可以），按我们输入的基因集合更偏向哪边。并且可以找出那部分

图中
1就是选定的通路
2是我们输入的基因在这张图上更偏向DFS good. 黑色竖线每一竖代表一个基因，这里3就是更偏向DFS good的是什么。

这里就是显示，我们输入的基因在Fatty_acid_metabolism这条通路中，是更偏向DFS good组。
具体生物学还要看这些基因是怎么来的。如果说是服药导致的，那么就是吃了这个药导致在Fatty_acid_metabolism中与DFS good有关的基因更多。

NES与FDR这里是用来判别这次GSEA是否成功，就和P数值在检验中的功能一样。

Q:2越低越好吗，那条绿色的线？

更偏向一边，主要还是整体趋势，算是越好。其实整体偏向一边，就代表在选定的通路中，有偏向性了。

参考：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp